在“超高校级的绝望”带来的“人类史上最大最恶的绝望事件”之下，世界陷入了濒临崩坏的绝境。为了拯救这个充满绝望的世界，“未来机关”由原希望峰学园的校长与师生们集结而成了。其中就包括了曾经打倒了江之岛盾子的苗木诚等78期生。他们在此继续复兴世界的活动，但苗木却被以 庇护“绝望的残党”这一罪名遭到了众人的怀疑。未来机关众人为了苗木的处分而聚集在一起时，却遭到黑白熊的监禁，并被要求进行“最后的自相残杀”。...

　　古老帝国拉比达是一座漂浮在空中的巨大的机器岛，传说那里已经无人居住，蕴藏着巨大的财富。因此，无论军方还是海盗，都在找寻着这座传说中的飞行岛。　　矿工帕克这天偶遇拉比达继承人希达，两人一见如故。因为希达身上有找寻拉比达帝国的重要物件飞行石，军方和海盗两帮人马都在追杀希达。帕克带着希达一起逃亡，最终都没有逃出军方的手中，希达被军队掳走了。　　为救朋友，帕克只能选择与海盗合作。帕克与海盗成功救出了希...