现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。　　那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。　　Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体，　　在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。　　但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦”　　化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统，　　企图从网络一侧控制人类的世界。...

东京峰会召开在即，为了确保会议顺利进行，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下，此地已然发生了爆炸案。令柯南（高山南 配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也 配音）极其不利的证据。在此之后，小五郎 遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察...

进入21世纪已有近20年，在人们已忘记了妖怪存在的现代。 　　科学无法解明的现象频发，流言飞语散布各处，大人们只能疲于奔命。 　　希望想办法解决这一情况而写信给妖怪信箱的13岁少女·真奈的面前， 　　随着咔哒咔哒的木屐响声，鬼太郎来到了…。...